제2기 (1990~2000)

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  신관완공후(1994)

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  제2회 한일 정신보건간담회 (1994)

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  제1회 계요병원 전공의 수료기념 (1995)

1990년대에 들어서 계요병원의 가장 큰 변화는 진료, 교육, 연구라는 병원 본연의 역할에서의 큰 발전을 이룬 것입니다.
1991년~1992년에 정신과 전공의 수련병원으로 지정되어 전공의 수련이 시작되었으며, 전문적인 임상심리사 양성을 위한 임상심리사의 수련도 시작되었습니다. 이와 보조를 맞추어 한국신경정신의학연구소를 시작하여 임상과 더불어 연구 또한 활발히 이루어졌습니다.

1992년에는 의료법인으로 출연하여 안양신경정신병원에서 의료법인 계요의료재단 계요병원으로 그 명칭이 바뀌었습니다.
1993년 일본의 아사이 병원과 자매결연을 맺고 제1기 한일 정신보건간담회를 개최하여, 이후 매년 양 병원간의 정신보건 분야에서의 활발한 교류가 이루어졌습니다.

이 시기에는 보다 전문적인 치료서비스를 제공하기 위해 전문센터들을 시작하였습니다.
1994년 청소년정신의료센터, 1995년 알코올 전문병동, 1997년 낮병원을 시험 시작하게 되었습니다.
지역사회의 발전에도 기여하여, 1998년 의왕시와 협력하여 의왕시정신보건센터를 설립하였으며, 현재까지 의왕시 정신건강복지센터로 이어지며 지역사회 정신건강의 발전에도 큰 역할을 수행하고 있습니다. 또한, 전문치료인력 확대를 위하여 1997년 정신보건사회복지사 수련을 시작하였습니다.

외형적 발전도 계속되어 1991년 본관 8층을 증축하고, 1994년 지하 1층 지상 3층의 신관을 신축하여 총 800병상을 보유한 대한민국 굴지의 정신건강병원으로 거듭나게 되었습니다.